Magellánnak a kezdeti nehézségek után még több problémával kellett szembenéznie. A hajókón a hosszú, nehéz út során gyakoriak voltak a zendülések, melyeket néha csak a felbújtók megöletésével tudott megfékezni, valamint csak kemény küzdelmek után találták meg azt a csendes-óceáni átjárót, amelyet ma Magellán-szorosként emlegetünk.
Előbb a Santa Cruz folyó torkolatáig hajózott el, majd továbbhaladt dél felé, s október 21-én, a Vírgenes-fok megkerülésével, a déli szélesség 52° 50'-énél bejutott a keresett átjáróba, amelyet később róla neveztek el Magellán-szorosnak.1520. november 28-ánTrinidad, a Concepción és a Victoria kiért a „Déli-tenger”, azaz a Csendes-óceán nyílt vizére. A rákövetkező, szélcsendtől hátráltatott átkelés miatt nevezte el így Magellán. A három hajót eleinte a Perui-áramlás három hajó, a sodorta, majd szinte csak aparancsnok vasakarata hajtotta tovább. A szomjúságtól és skorbuttól gyötört, előbb patkányrágta kétszersültön tengődő, majd kínjában bőrt rágó legénység végül átjutott a Csendes-óceán túloldalára.
(A Magellán-szorosnak eredetileg Mindenszentek-szoros volt a neve, később a spanyol király adta neki mai nevét, a híres hajós tiszteletérte.
